Fils de saint Magne, évêque d'Avignon entre 650 et 680, Agricol lui succède sur le trône épiscal de 660 à 700. Ce saint évêque, qui aurait donné sa maison pour établir une église en ce lieu, est élu comme l'un des patrons de la ville en 1647. Le pape Jean XXII fait reconstruire l'édifice et l'érige, en 1322, en collégiale. A la fin du XVe sècle, une importante campagne de travaux voit la reprise des voûtes et l'adjonction d'une travée. La nouvelle façade, ornée d'un gable en accolade typique du gothique provençal, est agrémentée d'une « Annonciation » réalisée par le sculpteur lorrain Ferrier Bernard.
L'intérieur abrite un grand retable de style renaissant sculpté par Imbert Boachon en 1525 pour les Doni, une belle chapelle réalisée par J.-B. Péru pour les Brantes, et divers tableaux des meilleures peintres d'Avignon.
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